Обмен посольствами произошел в 1954 году. С этого периода отношения между странами стали активно развиваться, расширилось взаимовыгодное сотрудничество в политической, экономической, культурной и военной областях.

В сентябре 1956 года было заключено первое генеральное соглашение. Советский Союз предоставил Индонезии многомиллионный кредит для строительства важных народнохозяйственных объектов. Уже 17 марта 1958 года в страну было поставлено 10 советских судов с грузом военного назначения.

26 апреля 1958 года вступило в силу Генеральное соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве между СССР и Индонезией.

С 1961 года начались крупные поставки нового вооружения и военной техники с целью комплексного переоснащения вооруженных сил Индонезии, в числе которых были вездеходы ГАЗ-69, плавающие танки ПТ-76, военные корабли, истребители, подводные лодки, артиллерийские системы, стрелковое вооружение. Модернизация потребовала одновременного обучения в СССР тысяч индонезийских офицеров, солдат и матросов.

Оказанная Советским Союзом военная и военно-техническая помощь позволила молодой республике преодолеть зависимость от голландского влияния и обрести территориальную целостность. Несмотря на это, с конца 60-х годов наступил почти 20-летний период охлаждения отношений двух стран, и только после визита президента Индонезии Хаджи Сухарто в Москву в 1989 году ситуация изменилась к лучшему.

С 2002 года действует Российско-Индонезийская совместная комиссия по торгово-экономическому и техническому сотрудничеству.

В 2003 году в ходе визита в Россию президента Индонезии Мегавати Сукарнопутри была подписана Декларация об основах дружественных и партнерских отношений в XXI веке.

В 2006 году Россию с визитом посетил президент Индонезии Сусило Юдойоно, а в 2007 году состоялся визит в Индонезию президента России Владимира Путина.

Эффективным механизмом сотрудничества является Деловой Совет по сотрудничеству с Индонезией, созданный 10 ноября 2009 года. В настоящее время подписано около 20 межправительственных соглашений и меморандумов, которые составляют действующую договорно-правовую основу экономического сотрудничества России и Индонезии.

В сентябре 2010 года было подписано российско-индонезийское соглашение об укреплении военно-технического сотрудничества двух стран. Работает межправительственная комиссия по ВТС.

Рособоронэкспорт является постоянным участником международной выставки вооружений и военной техники " Indo Defence Expo & Forum" в Джакарте.

В Индонезии работает представительство Государственной корпорации Ростех, обеспечивая интересы Рособоронэкспорта.