L'échange d'ambassades a eu lieu en 1954. Dès lors, les relations entre les deux pays ont commencé à se développer, ainsi que la coopération politique, économique, culturel et militaire mutuellement avantageuse.
En septembre 1956, les deux partie ont conclu le premier accord général. L'Union soviétique a accordé à l'Indonésie un crédit de plusieurs millions de dollars pour la construction des installations économiques nationales. Déjà le 17 mars 1958, 10 bâtiments soviétiques ont livré les marchandises militaires.
Le 26 avril 1958, l'Accord général pour la coopération économique et technique entre l'URSS et l'Indonésie entre en vigueur.
Depuis 1961, les deux parties ont procédé aux livraisons de nouvelles armes et équipements militaires dans le but de rééquiper complètement les forces armées indonésiennes. Il s’agit des livraisons des véhicules tout-terrain GAZ-69, des chars amphibies PT-76, des navires de guerre, des chasseurs, des sous-marins et des systèmes d'artillerie et des armes légères. La modernisation était suivie de la formation de milliers d’officiers, de soldats et de marins indonésiens en URSS.
L'assistance militaire et militaro-technique fournie par l'Union soviétique a permis à la jeune république de surmonter sa dépendance néerlandaise et d'acquérir son intégrité territoriale. Malgré cela, à partir de la fin des années 60, les deux parties connaissaient de près de 20 ans de refroidissement des relations, et ce n'est qu'après la visite du président indonésien Haji Suharto à Moscou en 1989 que la situation s'est redressée.
Depuis 2002, la Commission mixte russo-indonésienne de coopération commerciale, économique et technique a démarré son activité.
En 2003, la visite en Russie de la présidente indonésienne Megawati Sukarnoputri a abouti à la signature de la Déclaration sur les principes des relations amicales et de partenariat au XXIe siècle.
En 2006, le président indonésien Susilo Yudhoyono s'est rendu en Russie et en 2007, le président russe Vladimir Poutine a rendu une visite.
L’instrument de coopération efficace est le Conseil administratif pour la coopération avec l'Indonésie, créé le 10 novembre 2009. Actuellement, environ 20 accords et mémorandums intergouvernementaux constituent le cadre juridique actuel de la coopération économique entre la Russie et l'Indonésie.
En septembre 2010, les deux pays ont signé un accord russo-indonésien pour le renforcement de la coopération militaro-technique. La commission intergouvernementale de coopération militaro-technique exerce son activité.
Rosoboronexport participe régulièrement à l'exposition internationale des armes et des équipements militaires Indo Defence Expo & Forum à Jakarta.
Le bureau de représentation de la société d'État Rostec en Indonésie sert les intérêts de Rosoboronexport.
